مصحفی را که مولی امیرمؤمنان (ع) گردآوری کرده بود، دارای ویژگی های خاصی بود که در مصاحف دیگر وجود نداشت. اولا، ترتیب دقیق آیات و سور، طبق نزول آن ها رعایت شده بود یعنی در این مصحف مکی پیش از مدنی آمده و مراحل و سیر تاریخی نزول آیات روشن بود بدین وسیله سیر تشریع و احکام، مخصوصا مساله ناسخ و منسوخ در قرآن به خوبی به دست می آمد. ثانیا، در این مصحف قرائت آیات، طبق قرائت پیامبر اکرم (ص) که اصیل ترین قرائت بود، ثبت شده بود و هرگز برای اختلاف قرائت در آن راهی نبود بدین ترتیب راه برای فهم محتوا و به دست آوردن تفسیر صحیح آیه هم وار بود این امر اهمیت به سزایی داشت، زیرا چه بسا اختلاف قرائت موجب گم راهی مفسر می شود که درآن مصحف هرگونه موجبات گم راهی وجود نداشت. ثالثا.....
جمع و تالیف قرآن به شکل کنونی، در یک زمان صورت نگرفته، بلکه به مرورزمان و به دست افراد و گروه های مختلف انجام شده است ترتیب، نظم و عدد آیات در هر سوره در زمان حیات پیامبر اکرم (ص) و با دستور آن بزرگوار انجام شده وتوقیفی است و باید آن را تعبدا پذیرفت، و به همان ترتیب در هر سوره تلاوت کردن هر سوره با فرود آمدن «بسم اللّه الرحمان الرحیم» آغاز می شد و آیات به ترتیب نزول در آن ثبت می گردید، تا موقعی که «بسم اللّه» دیگری نازل می شد و سوره دیگری آغاز می گردید این نظم طبیعی آیات بود گاهی اتفاق می افتاد پیامبر اکرم (ص) ـ با اشاره جبرئیل ـ دستور می داد تا آیه ای بر خلاف نظم طبیعی در سوره دیگری قرارداده شود، مانند آیه «واتقوا یوما ترجعون فیه الی اللّه ثم توفی کل نفس ما کسبت و هم لایظلمون» [1] ـ که گفته اند از آخرین آیات نازل شده است ـ پیامبر(ص) دستور فرمود آن را بین آیات ربا و آیه دین، در سوره بقره آیه 281 ثبت کنند بنابراین ثبت آیات در سوره ها، چه با نظم طبیعی یا نظم دستوری، توقیفی است و با نظارت و دستور خود پیامبر اکرم (ص) انجام گرفته است و باید از آن پیروی نمود.
در اهمیت شناخت اسباب نزول یا شان نزول باید گفت: همان گونه که می دانیم قرآن، تدریجی و در مناسبت های مختلف نازل شده است بر حسب اقتضا اگرحادثه ای پیش می آمد یا مسلمانان دچار مشکلی می شدند، یک یا چند آیه و احیانا یک سوره برای رفع مشکل نازل می گردید...